Segundo a portaria, a gestão do Centro ficará sobre responsabilidade da própria Secretaria de Defesa Agropecuária, que deverá articular-se com os órgãos e entidades públicos e privados; atualizar o secretário de Defesa Agropecuária sobre a situação de resposta à emergência; identificar e adotar mecanismos para apoiar as unidades técnicas da Secretaria de Defesa Agropecuária, a Superintendência Federal de Agricultura e Pecuária do Rio Grande do Sul e o respectivo Órgão Estadual de Defesa Agropecuária nos meios necessários para a resposta à emergência, e propor ao secretário de Defesa Agropecuária ações que visem otimizar a resposta à emergência.